Protein yang terkait dengan asam nukleat dikenal sebagai nukleoprotein, dan korelasi protein kapsid virus dengan asam nukleat virus disebut nukleokapsid. Nukleokapsid yakni unit struktur virus, terdiri dari kapsid dengan asam nukleat tertutup; umumnya di dalam sitoplasma. Tergantung pada virusnya, nukleokapsid sanggup berafiliasi dengan inti terbuka atau dikelilingi oleh selaput membran.
Pada tahun 2012, coronavirus gres diidentifikasi sebagai biro penyebab benjol pernapasan akut progresif cepat pada dua laki-laki dari Timur Tengah. Pada virus-virus yang terselubung ini, nukleokapsid filamen dibuat oleh asosiasi protein nukleokapsid (N) dengan RNA virus untai tunggal (Gambar 1). Protein nukleokapsid yakni fosfoprotein yang sangat imunogenik yang juga terlibat dalam replikasi genom virus dan memodulasi jalur pensinyalan sel.
Fungsi Nukleokapsid
Nukleokapsid HIV-1 protein (NC) yakni protein dasar kecil yang dihasilkan oleh pembelahan prekursor poliprotein struktural Gag oleh protease virus selama perakitan virus dalam sel yang terinfeksi. Nukleokapsid HIV-1 mempunyai dua salinan jari seng CCHC (ZnF) yang sangat kekal, diapit oleh residu basa. Nukleokapsid HIV-1 dan protein nukleokapsid retroviral yang lebih umum yakni protein pengikat asam nukleat yang mempunyai acara kondensasi dan asam nukleat asam kuat.
Fungsi nukleokapsid HIV-1 pada fase awal dan final replikasi virus. Salah satu fitur yang menonjol dari domain globular sentra nukleokapsid yakni dataran tinggi hidrofobik yang sepertinya mengatur fungsi nukleokapsid, menyerupai mendampingi konversi RNA genom menjadi DNA virus oleh RT selama fase awal, dan mendorong pemilihan dan dimerisasi dari RNA genomik pada tahap awal perakitan partikel virus. Hal ini memastikan perdagangan dari kompleks RNA genomik GagNC awal ke membran plasma sel yang terinfeksi dan jadinya pembentukan dan pertumbuhan virion.
Peran nukleokapsid dalam imunitas
Protein nukleokapsid yakni protein coronavirus yang paling berlimpah. Selama perakitan virion, protein N berikatan dengan RNA virus dan menyebabkan pembentukan nukleokapsid heliks. Kelimpahan dan hidrofilisitas tinggi dari protein N seharusnya berkontribusi pada kekebalan potensial sehabis benjol SARS. Sekitar satu ahad sehabis onset SARS, antibodi spesifik protein N sanggup dideteksi dan bertahan lama.
Epitop yang sesuai dalam protein N diringkas sebagai Gambar 2. N371-390 dan N385-407 mempunyai kemampuan yang berpengaruh untuk bereaksi dengan serum 94-97% pasien, menunjukkan situs epitop di terminal C pada protein N kemungkinan besar berlokasi di kodon 371-407. Seperti coronavirus lainnya, protein N dari virus SARS bisa menginduksi CTL spesifik dengan memakai vaksin DNA. Epitop untuk induksi CTL masih belum diketahui.
Gambar 1. Protein nukleokapsid (protein N) dalam struktur virus coronavirus. Genom RNA dikomplekskan dengan protein N untuk membentuk selaput heliks dalam membran virus, HE, hemagglutinin-esterase; S, spike; E, amplop membran kecil; M, membran yakni semua protein transmembran.
Gambar 2. Motif antigenik protein nukleokapsid SARS. Bilah kosong menunjukkan kemampuan yang lebih berpengaruh untuk menginduksi produksi antibodi. Angka tersebut menunjukkan asam amino dari protein nukleokapsid.
Sumber aciknadzirah.blogspot.com